fastSTRUCTURE是一款使用python编写的程序,可以计算群体结构,十分方便。


依赖工具

  • linux操作系统,MAC暂未测试成功,应该是GSL的问题,搞定会放出来
  • github 如何安装git
  • python 最好是2.7以上,2.6的版本在画图的时候报错,目前暂未解决(主要个人对python的作图包不是很熟悉,在版本的选择上不是很清楚)

安装

有关python的安装可参看fastSTRUCTURE说明书,但我倾向使用pip,更为方便。

  • Numpy
1
pip install numpy
  • scipy
1
pip install scipy
  • cython
1
pip install cython
  • GNU Scientific Library

官网目前版本为2.3

1
2
3
4
5
6
7
8
9
cd Downloads
wget http://gnu.mirror.vexxhost.com/gsl/gsl-latest.tar.gz
tar -zxvf gsl-latest.tar.gz
cd gsl-1.16
./configure
make
sudo make install
cd ..
sudo rm -R gsl-latest.tar.gz gsl-1.16
  • fastSTRUCTURE
1
2
3
4
5
mkdir fs
cd fs
git clone https://github.com/rajanil/fastStructure
cd fastStructure
vim ~/.bashrc
1
2
3
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
export CFLAGS="-I/usr/local/include"
export LDFLAGS="-L/usr/local/lib"
1
2
source ~/.bashrc
vim /etc/matplotlibrc
1
2
# ‘module://my_backend’.
backend : Agg