ascper可以解决在ncbi数据库中上传及下载大批量数据的问题,下载及上传速度通常可以达到10m以上。

  • 下载
    登录官网选择好对应版本

  • 安装
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cp aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh ~/
sh aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ./
cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license ./
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ./
cp ~/.aspera/connect/bin/ascp ./
  • 下载
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~/ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/SRR576938/SRR576938.fastq.gz ./
  • 上传
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~/ascp -i sra-4.ssh.priv ~/data/raw_data/7_1.fq.gz asp-sra@upload.ncbi.nlm.nih.gov:incoming
#~/ascp -i sra-4.ssh.priv -k 1 -T -1200m ~/data/raw_data/7_1.fq.gz asp-sra@upload.ncbi.nlm.nih.gov:incoming

ascpera很好用但是使用起来又不是很友好,路径什么的感觉也存在bug,连ncbi官网的说明有的地方也是错误的,希望可以更正掉。